O Museu do SIGILO® é mantido e representado pelo Instituto SIGILO, associação civil sem fins lucrativos. Sua governança decorre da Assembleia Geral, da Diretoria Executiva (Presidência, Vice-Presidência e Secretaria), de um Comitê Gestor e de um Conselho Fiscal não permanente. Um museu que trata do sigilo como objeto de estudo entende que administrar a si próprio com publicidade e prestação de contas é condição da sua própria credibilidade — por isso disponibiliza aqui, publicamente, seus documentos institucionais.