O Museu do SIGILO® mantém quatro linhas de pesquisa permanentes: a história do sigilo, do segredo e da privacidade como práticas sociais, jurídicas e tecnológicas; a história e a tecnologia da criptografia, da esteganografia ao blockchain; o direito fundamental à criptografia e os direitos digitais contemporâneos; e a museologia digital e a preservação de acervos nato-digitais.
Os Cadernos do Museu do SIGILO® são a publicação periódica de divulgação científica da instituição. O Museu promove, ainda, um Seminário Científico anual, que retoma publicamente o debate proposto pelo artigo fundador “Direito à Criptografia como Direito Fundamental?”, reunindo pesquisadores de diferentes posições.